Internamente, a AGE-i-FEUP está organizada de acordo com uma estrutura departamental contando com os seguintes departamentos:  Comunicação e Imagem, Eventos e Logística, Mobilidade e Apoio ao Estudante, Recursos Humanos e Relações Externas.

Adicionalmente é ainda composta pela Presidência, Local Responsible, a Mesa da Assembleia Geral, o Conselho Fiscal e pela entidade responsável pela ação social e sustentabilidade, o AGE.